De officiële doorstroomcijfers, zoals berekend door de Onderwijsinspectie, houden onvoldoende rekening met de unieke aard van categoriale gymnasia. Op een gymnasium is het niet mogelijk om leerlingen die niet voldoen aan de overgangsnormen direct te laten doorstromen naar een lager onderwijsniveau, zoals dat wel kan op brede scholengemeenschappen. Om de kansen op een succesvol gymnasiumdiploma te maximaliseren, kiest het Stedelijk Gymnasium Nijmegen er daarom vaker voor om leerlingen een jaar te laten doubleren. Dit beleid is gericht op het bieden van de best mogelijke ondersteuning en ontwikkeling voor elke individuele leerling. Een extra factor die de doorstroomcijfers beïnvloedt, is het succesvolle "Intermezzo" tussenjaar. Dit jaar is geen studievertraging omdat het een jaar uit het primair onderwijs vervangt, maar wordt door de inspectie wel als zodanig geregistreerd. De school is zich bewust van de mogelijke impact op de beeldvorming, maar stelt het belang van de individuele leerling en diens ontwikkeling voorop.